कहा जाता है कि उस समय भरतपुर के राजा श्री संत दास नामक संत से मिले थे। वह समय राजा के शासन काल का आखिरी समय था। ये संत ऋषि दास लक्ष्मण जी के बहुत बड़े भक्त थे और हमेशा उनके प्रति समर्पित रहते थे। कहा जाता है कि मंदिर की नींव रखने के पश्चात महाराजा बलदेव सिंह ने, जो इसके असली संस्थापक थे, जल्द ही उन्होंने अपने बेटे बलवंत सिंह को अपने उत्तराधिकारी राजा के रूप में घोषित कर दिया। इस प्रकार महाराजा बलवंत सिंह ने अपने शासन काल में मंदिर का निर्माण किया। मंदिर की मूर्तियों को 1947 के विक्रम संवत में स्थापित किया गया था। इस मंदिर के पुजारी पंडित मुरारी लाल पराशर के अनुसार, वे डीग का लक्ष्मणजी मंदिर, से भी पुराने है और भरतपुर का शाही परिवार लक्ष्मणजी और पुजारी मंदिरों को शाही मंदिरों के रूप में पूजते हैं।
भरतपुर मंदिर बंसी फदपुर के बादामी रंग के बलुआ पत्थर से बना है। मंदिर पहली मंजिल पर है इस मंदिर को आभूषणों और फूलो के पैटर्न से तराशा गया है।